3.6比较两种结构

让我们从头开始删除所有内容：使用文本控制台并输入命令mol delete all并按enter键。这删除了所有装载的分子，通常比选择它们并逐一删除它们更方便。或者，您可以在分子浏览器中突出显示每个分子，并使用“分子”菜单中的“删除分子”项逐个删除它们。

首先加载mbco。pdb结构的文件窗口。通过使用选择命令resname HEM CO或ressid 64 93，只打开血红素、CO和组氨酸。中间的点（可能是绿色的）是铁，你可以用鼠标挑选它来验证。通过将“对象模式”下拉更改为“选择”，并在鼠标菜单中选择“原子”作为选择模式来实现此操作。标签HEM154:FE应该同时出现在显示器和文本控制台中。

将鼠标菜单中的拾取模式更改为“bond”。为了得到铁和CO的氧之间的距离，先用鼠标左键点击铁，然后点击氧。第一次点击打开FE标签，第二次点击打开O标签，并在两个原子之间画了一条线，距离在中间和右边画了一点。两个原子之间的距离为2.94˚A，本文为2.93˚A；不坏。然而，选取CO的FE和C之间的距离，发现两者之间的距离为1.91˚A，而本文中的距离为1.85˚A。不同的是，VMD分布中的结构实际上是在确定最终坐标之前获得的初步结构。

为了实验更复杂的拾取模式，考虑CO的O与血红素的FE和残留物93的NE2形成的角度（您可以点击原子来查找哪个是哪个）。使用鼠标菜单，将选择模式更改为“角度”。这将导致光标变成一个红色的十字准星。用鼠标左键点击三个原子中的每一个。在第三次选择之后，会出现一个浅角，表示三个原子之间的夹角为8.71度。

现在加载中间星号。PDB文件，该文件也可以在您的发行版的proteins目录中找到。再次使用“文件”窗口来执行此操作。这两个分子会并排装载。转到图形窗口，改变选择，使其与第一个相同，即重新命名HEM CO或驻留64 93。这两个分子几乎重叠在一起，很难区分它们，所以改变颜色来简化。

首先，在图形窗口中，将着色方法更改为“分子”。使用Selected Molecule选择器更改mbco。pdb“分子”的着色方法也是如此。打开颜色窗口[§5.4.9]，向下滚动类别浏览器，直到“分子”线可见。点击它，然后点击写着mbco.pdb的行。（如果在此会话之前加载过文件，则可能有两个mbco行。）滚动颜色浏览器，点击“蓝色”。这将使显示器中的一个分子变为蓝色。

接下来，单击Names选择器中的最后一行，即star.pdb。这一次，从颜色选择器中选择“红色”。这个显示应该更容易理解。结合一氧化碳的肌红蛋白是蓝色的，中间状态是红色的。此时，通过使用鼠标中键选择两种构象中的同一原子，很容易测量两种不同状态之间的位置变化。

一旦完成，就很容易指出VMD处理图形方式的一个有趣方面。进入主窗口，选择两个分子中的一个，然后按下Toggle Fixed。进入转译模式，移动另一个分子。注意，列出两个原子之间距离的数字永远不会改变。这是因为鼠标只影响坐标转换到屏幕图像的方式。它完全不影响实际坐标。可以使用文本命令界面或使用原子移动拾取模式（§5.1.2）来改变分子中的坐标。

顺便说一下，解除分子的固定，并从显示菜单中执行“重置视图”来重置一切。

装上第三个结构，脱氧。给它和其他两个分子一样的选择。

然而，把这个涂成绿色。拿出Nature v. october 27 1994，翻到740页。通过一些操作，您应该能够重新创建出现在那里的图像。