4.1关于常见分子文件格式的说明

VMD本机理解几种流行的分子数据文件格式：PDB坐标文件，CHARMM， NAMD和X-PLOR风格的PSF拓扑文件，CHARMM， NAMD和X-PLOR风格的DCD轨迹文件，NAMD二进制重启（坐标）文件，AMBER结构（PARM）和轨迹（CRD）文件，包括旧格式和AMBER 7.0使用的新格式，以及gromacs（例如GRO， G96， XTC， TRR）结构和轨迹文件。这些文件可能包含一些冗余信息，可以以不同的组合方式加载。

PDB文件包含有关原子、残基、段名、占用率和beta因子以及一个坐标集的数据。PSF和PARM文件包含原子、残基、片段名称、残基类型、原子质量和电荷以及键连性。VMD支持gromac使用的四种文件格式：GRO、G96、TRR和XTC。GRO和G96文件包含结构信息，包括原子、残馀和段数据，以及一个坐标集。CRD， DCD， TRR和XTC文件只包含坐标数据（帧）。值得注意的是，虽然PDB、GRO和G96文件被设计为只包含一个坐标集，但多个文件可以连接到一个更大的文件中，以创建一个临时的轨迹文件，可以通过VMD加载。

当VMD加载文件时，它需要有关原子名称和坐标的信息，并尝试填充其余信息。由于PDB文件包含所有这些信息，因此不需要加载任何其他数据文件。但是，PDB文件不包含原子类型、质量和电荷，因此这些都是猜测或分配的默认值。特别是，如果文件不包含明确的电荷信息，将为电荷赋值0.0。

PSF文件不包含坐标信息，因此必须与PDB或DCD文件一起加载。如果给出了PDB和PSF，则没有丢失数据，VMD也不做任何假设。

如果给出了PSF和DCD，那么只有链标识符和占用和beta值缺失，因此它们被给出默认值。PARM文件类似于PSF，因为它也包含没有坐标信息。它必须与一个CRD轨迹文件一起加载。如果同时加载PARM和CRD文件，则只有原子的段名和链ID为空。可以与PDB一起指定CRD或DCD文件，在这种情况下，PDB文件将被正常读取，然后从DCD或CRD读取坐标集，直到到达文件的末尾。gromac GRO和G96文件可以自己加载，因为它们包含必要的原子数据和坐标。它们也可以与TRR和XTC文件一起加载以获得轨迹数据。可以使用Molecule file Browser表单将PDB、CRD或DCD文件中的其他坐标附加到当前坐标集。