5.4.4分子文件浏览器窗口

文件窗口用于将文件从磁盘加载到新的或现有的VMD分子中。它可以通过选择“New Molecule. . . ”来提高…从“File”菜单中，或通过在主窗口中突出显示一个分子，并选择“Load Data Into Molecule. . . ”菜单项。窗口出现后，通过使用文件浏览器或在文本输入区域中键入文件名来选择所需的文件。默认情况下，VMD将尝试通过与文件类型列表中的文件阅读器插件之一匹配文件名扩展名来猜测您正在加载的文件类型（。如果VMD无法猜测适当的文件类型或猜测不正确，您必须手动从列表中选择它。

您可以通过从窗口顶部的“Load files for：”弹出菜单中选择要加载数据的VMD分子来控制要加载数据的VMD分子。如果要加载的文件是用于新分子的，请选择new molecule。如果正在加载的文件包含现有分子的附加坐标框架、电子密度图或其他辅助数据，请从窗口顶部的选择列表中选择适当的分子。如果正在加载的文件包含轨迹帧，您可以选择加载轨迹的子集，跳过帧的范围或步长，而不是全部。您还可以选择VMD在继续之前加载所有帧，或者在后台加载它们，以便在加载其他帧时您可以继续与菜单和窗口进行交互。如果正在加载的文件包含多个容量数据，则可以选择要加载哪些数据集。

一旦选择了要加载的文件、适当的文件类型和加载方式，按Load按钮，VMD将加载所选文件。加载文件时发生的任何信息、错误或警告都将出现在文本窗口中。

读取轨迹帧Reading Trajectory Frames

VMD可以从几种文件格式（如PDB、CRD、DCD或Gromacs文件）中的一种读取新的坐标集。新的坐标集被附加到所选分子的存储帧的末尾。加载坐标数据就像加载任何其他文件一样，用文件浏览器选择它，确保为正在加载的文件设置了正确的文件类型，然后按下Load按钮。

默认情况下，VMD将加载坐标或轨迹文件中包含的所有帧。

有时您可能不想读取整个坐标或轨迹文件。例如，您可能只需要最后一帧，或者每十帧。您可以通过更改文件的框架控件窗口中的选项来做到这一点。Frames控件由三个数字输入字段组成，分别是First、Last和Stride。这使得使用帧的子集成为可能，从第一帧开始并选择每个Stride帧，直到到达最后帧。例如，要在第14帧到第98帧之间每隔5帧选择一次，设置：

• First to 14

• Last to 98

• Stride to 5

（记住，VMD中的帧数从0开始，所以第0帧是第一帧。）值‘ -1 ’是一个特殊数字；将First设置为-1等同于从第一帧开始，Last = -1等同于在最后一帧结束，Stride = -1等同于迈出一步。