5.4.14序列窗口

图5.13:序列窗口

序列窗口用于列出蛋白质的残基序列和核酸的碱基序列，并从序列列表中选择残基/碱基，以便在主VMD窗口的三维结构中突出显示。当在主VMD窗口中选择残基时，相应的残基会在该窗口的序列列表中突出显示。显示氨基酸残基的颜色编码蛋白质结构信息，显示所有残基的B因子信息。在本节中，"Residue"既指蛋白质中的氨基酸残基，也指DNA和RNA分子中与主链相关的核苷酸碱基。

序列信息

序列窗口包含加载分子的残基序列的垂直列表。分子弹出菜单控件选择显示哪个分子的序列，当前"Top"分子在序列窗口第一次打开时显示。所显示序列的名称和分子编号显示在序列窗口的标题框中。

对于显示的每个残基，窗口会列出:残基编号、残基名称/代码和链字母。如果没有指定链，链字母设置为“X”。右边是两个颜色编码的列，“B值”和“结构”。“B值”显示B值(温度系数)字段的内容。“结构”字段显示蛋白质二级结构；从窗口菜单中选择帮助:结构代码，或参见表5.5，了解颜色键中单个字母代码的说明。

表5.5:序列窗口中二级结构代码的说明。

从序列窗口列表中选择残基

用鼠标左键单击垂直列表中的任意位置，突出显示一个残基。用鼠标左键单击并拖动以突出显示多个残基，按住shift键单击以将单个残基添加到当前选择中，按住shift键单击并拖动以将多个残基添加到选择中，右键单击以取消选择一个残基。突出显示为粗黄色"Bonds"表示，这些可以更改或关闭。

通过点击三维结构选择残基

使用鼠标菜单进入“Pick原子”模式(或按标准键盘快捷键“1”)。点击任一蛋白质原子或核酸原子，其残基会高亮显示，序列列表会滚动显示该残基。按住Shift键点按的工作方式相同，但会添加到当前选择中。请注意，如果缩放因子小于1.0，单个剩余序列高亮显示的高度将比一整行文本的高度短。一旦序列窗口打开，任何“Selections”将创建或添加到选择中，直到高亮显示关闭。

序列缩放

较大的分子包含数以千计的残基，数量太多，无法一次显示在lines性文本列表中。序列窗口只能列出大约40个文本行；要处理超过40个残基的分子，请使用滚动条在长列表中滚动，或使用缩放控件将长列表中的数据放入一个小空间。

"Scale"滑块和"Fit all"、"Every Residue"按钮可以放大和缩小长序列列表，以允许一次查看和选择整个列表。为了在窗口上显示超过40个残基，文本列表似乎"skip"残基，但选择、高亮和颜色编码数据对所有残基仍然有效。

通过将缩放滑块设置为小于1.0的值，或者按下"Fit all"按钮，可以一次看到一个大分子的更多或所有序列信息。要显示序列中每个残基的文本行(缩放因子= 1.0)，单击每个残基按钮。可以用鼠标左键拖动缩放滑块(以平滑地重新缩放序列)，或者可以通过用中键沿滑块轨道点按来跳到给定值(这对于更快地处理很长的序列很有用)。

对于选择了Fit all的数千个残基的蛋白质，可以一次选择数百个残基，并且可以检测整个蛋白质序列的B值和结构趋势。在上面的屏幕截图中，通过在B值列中的绿色区域周围拖动一个矩形，选择了B值比周围序列低的70个残基部分。

其他控制包括

Toggle display of 3-letter and 1-letter codes：点击1个字母的代码，从3个字母切换到1个字母的氨基酸代码。同样的按钮，然后读取3个字母的代码，点击它切换回从1个字母到3个字母的代码。

Print contents of sequence window：打印到文件，创建包含当前序列列表和高亮显示的postscript文件。

关闭突出显示/更改突出显示样式

要清除所有高亮显示，请从"Molecule"弹出菜单中重新选择当前分子。要完全关闭给定分子的高亮显示表示，请在序列窗口创建的图形窗口中找到该表示(显示为“Bonds ColorID 4”)，并将样式设置为“无”。要更改突出显示样式，请将相同的表示设置为您喜欢的样式和颜色。每当序列窗口选择改变时，该表示的选择仍将改变。示例应用:在高亮显示的轨迹选项卡中指定多个帧。这将显示VMD主窗口或序列窗口中点击的残基的轨迹运动。

说明

首次使用时暂停:由于序列窗口显示加载分子的二级结构，第一次显示蛋白质序列时，结构计算可能会暂停。

按链选择:当一条链中有多个片段时，几个残基可能具有相同的残基编号和链名。这些残基将一起被突出显示/选择/取消选择。

B值可以由用户指定:要使用B值列查看任意数据，请使用选择集beta命令更改B值。要刷新显示的B值数据，请从"Molecule"弹出菜单中重新选择当前显示的分子。