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LAMMPS接口自主研发的Packmol extension可用于生成一盒水分子。
打开LAMMPS输入对话框
输入模拟参数 1.选择输入坐标在x、y和z方向上的重复单元的数量 2.选择水势。当前版本支持SPC和SPC/E模型潜力 3.选择LAMMPS格式坐标的名称。在后面创建lmpdat文件时将使用该名称。 4.选择MD步骤的总数。 5.选择XYZ格式的轨迹文件的文件名。
生成lammps输入文件 1.点击 Generate 按钮 2.选择一个文件名 3.点击save 4.关闭输入生成器对话框
生成lammps坐标文件 1.从文件菜单中选择 “Save As” 2.从上面输入“water.lmpdat”文件名称 3.选择“All files” 4.保存LAMMPS格式的坐标文件
运行lammps文件 2700步之后，温度开始稳定下来。
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