参数文件

mdp 运行参数，gmx grompp和gmx convert-tpr的输入文件

m2p gmx xpm2ps的输入文件

参数文件-mdp

有关选项的详细说明，请参阅用户指南。

下面是一个示例 mdp 文件。选项的顺序并不重要，但如果同一选项输入了两次，会使用最后一次的设置（gmx grompp 在覆盖前面的值时会给出注意信息）。等号左侧选项中的破折号和下划线没有区别。示例选项的值用于模拟水盒子中的蛋白质，运行 1 纳秒 MD。

注意：所选参数（如短程截断值）取决于所使用的力场。

使用此输入文件，gmx grompp会生成一个包含注释的文件，默认名称为 mdout.mdp。这个文件会包含上述选项，以及未明确设置的所有其他选项，并给出了它们的默认值。

参数文件-m2p

m2p 文件格式包含用于gmx xpm2ps程序的输入选项。如果查看一下gmx xpm2ps给出的PostScript(tm) 输出，就很容易理解所有的这些选项。

xpm2ps的命令行选项会覆盖此文件中的参数

black&white = no ; 过时的

titlefont = Times-Roman ; PostScript字体

titlefontsize = 20 ; 字体大小（pt）

legend = yes ; 显示图例

legendfont = Times-Roman ;PostScript字体

legendlabel = ; 当.xpm中没有时使用

legend2label = ; 合并两个xpm时使用

legendfontsize = 14 ;字体大小（pt）

xbox = 2.0 ; 矩阵元素的x尺寸

ybox = 2.0 ; 矩阵元素的y尺寸

matrixspacing = 20.0 ;2个矩阵之间的空间

xoffset = 0.0 ; 在矩阵和边界框之间

yoffset = 0.0 ; 在矩阵和边界框之间

x-major = 20 ; x轴上的主要刻度每帧

x-minor = 5 ; Id. Minor ticks

x-firstmajor = 0 ; 第一帧major tick

x-majorat0 = no ; Major tick在第一帧

x-majorticklen = 8.0 ; x最大长度

x-minorticklen = 4.0 ; x微粒子长度

x-label = ; 当.xpm中没有时使用

x-fontsize = 16 ; 字体大小（pt）

x-font = Times-Roman ; PostScript字体

x-tickfontsize = 10 ; 字体大小（pt）

x-tickfont = Helvetica ; PostScript字体

y-major = 20

y-minor = 5

y-firstmajor = 0

y-majorat0 = no

y-majorticklen = 8.0

y-minorticklen = 4.0

y-label =

y-fontsize = 16

y-font = Times-Roman

y-tickfontsize = 10

y-tickfont = Helvetica