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结构文件
拓扑文件-gro 具有 gro 扩展名的文件包含 Gromos87 格式的分子结构。只要简单地连接起来，就可以将 gro 文件作为轨迹。程序会尝试从每帧的标题字符串中读取时间值，时间值应位于 t= 之后，如下面的示例所示。示例如下：
文本行包含以下信息（从上到下）: • 标题字符串（自由格式的字符串，t = 后可以是以 ps 为单位的时间） • 原子个数（自由格式的整数） • 每个原子一行（固定格式，见下文） • 盒向量（自由格式，空格分开的实数），值：v1(x) v2(y) v3(z) v1(y) v1(z) v2(x) v2(z) v3(x) v3(y)， 最后 6 个值可以省略（会被设置为零）。GROMACS 只支持 v1(y)=v1(z)=v2(z)=0 的盒子。 这种格式是固定的，即所有列都处于固定位置。作为可选（现在只适用于 trjconv），gro 文件中小数的位数可以是任意的， 这种情况下会有 n+5 位，带有 n 位小数（速度有 n+1 位小数），而默认的格式是 8位其中 3 位为小数（速度的小数位数为 4）。 在读取时，会根据小数点之间的距离（n+5）推断数据的精度。文本列包含以下信息（从左到右）: • 残基编号（5 位，整数） • 残基名称（5 个字符） • 原子名称（5 个字符） • 原子编号（5 位，整数） • 位置（以 nm 为单位，x y z 三列，默认每个 8 位，包含 3 位小数） • 速度 (以 nm/ps(或 km/s) 为单位，x y z 三列，默认每个 8 位，包含 4 位小数) 注意，单独的分子或离子（如水或 Cl-）被视为残基。如果你想在自己的程序中输出这样的文件，但不想使用 GROMACS 库，可以使用以下格式： C 格式 "%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f" Fortran 格式 (i5,2a5,i5,3f8.3,3f8.4) Pascal 格式 留给用户做练习吧。 注意，这是用于输出的格式，如上面的示例所示，字段之间可能没有空格，因此无法使用相同格式的 C语言语句进行读取。 拓扑文件-g96 具有 g96 扩展名的文件可以是 GROMOS-96 格式的初始/最终构型文件，或坐标轨迹文件，或二者的组合。此文件是固定格式的，所有浮点数的输出格式都是 15.9 （文件可能会变得非常大）。按给定的顺序，GROMACS 支持以下数据块： • 标题块： – TITLE （必需） • 帧块： – TIMESTEP （可选） – POSITION/POSITIONRED （必需） – VELOCITY/VELOCITYRED （可选） – BOX （可选） 有关块的完整说明，请参阅 GROMOS-96 手册。 注意，所有 GROMACS 程序都可以读取压缩或 gzip 压缩文件 拓扑文件-pdb 具有pdb扩展名的文件为蛋白质数据库文件格式的分子结构文件。蛋白质数据库文件格式描述了一个分子结构中原子的位置。坐标来自 ATOM 和 HETATM 记录，直到文件结束或遇到 ENDMDL 记录。GROMACS程序可以读取和输出 CRYST1 记录中模拟盒子的信息。pdb 格式也可以用作轨迹格式：可以读取一个文件中由 ENDMDL 分隔的几个结构，也可以用此格式输出多个结构。
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