轨迹文件

tng 任意类型的数据（压缩，便携，任意精度）

trr x，v 和 f（二进制，全精度，便携式）

xtc 只含 x（压缩，便携，任意精度）

gro x 和 v（ascii 文本，任意精度）

g96 只含 x（ascii 文本，固定高精度）

pdb 只含 x（ascii 文本，降低精度）

全精度数据格式： tng或trr

通用轨迹格式： tng，xtc，trr，gro，g96，或pdb

轨迹文件-tng

具有 .tng 扩展名的文件可以包含与模拟轨迹相关的所有类型的数据。例如，它可能包含坐标，速度，力和/或能量。

各种mdp文件选项可用于控制gmx mdrun 输出哪些数据，输出数据是否压缩，以及压缩率多大。此文件采用便携式二进制格式，可以使用gmx dump读取。

gmx dump-f traj.tng

或者，如果你的阅读速度不是很快，可以使用：

gmx dump -f traj.tng | less

你也可以使用以下方法快速查看文件内容（帧数等）:

gmx check -f traj.tng

轨迹文件-xtc

xtc 格式为轨迹的便携式格式。它使用 xdr 例程来读写数据，这些数据是为 Unix NFS 系统创建的。输出轨迹时使用了精度降低的算法，该算法工作方式如下：坐标（以 nm 为单位）乘上一个缩放因子，通常为 1000，因此得到的坐标以 pm 为单位。将得到的值四舍五入为整数值。然后使用其他一些技巧，例如，在序列中的接近的原子通常也会在空间上接近（如水分子）。为此，对 xdr 库进行了扩展，添加了一个特殊的例程来编写 3-D 浮点坐标。该例程最初由 Frans van Hoesel 编写，作为 Europort 项目的一部分。它的更新版本可以通过 此链接https://github.com/Pappulab/xdrf 获得。

所有数据都使用对 xdr 例程的调用来存储。具体格式如下：

int magic 整数 一个神奇的数字，对于当前的文件版本，其值为 1995。

int natoms 整数 轨迹中的原子数。

int step 整数 模拟步数。

float time 浮点数 模拟时间。

float box[3][3] 浮点数 模拟盒子存储为三个基向量的集合，以便可以用于三斜 PBC。对于长方体盒子，盒子边长存储在矩阵的对角线上。

3dfcoord x[natoms] 坐标本身以较低的精度存储。请注意，当原子数小于 9 时，不会使用降低精度的算法。

在 FORTRAN 程序中使用 xtc要在 FORTRAN 程序中读写这些文件，请使用对 readxtc 和 writextc 的调用，如以下示例程序所示。该示例程序读取一个 xtc 文件并将其复制到新文件中：

要链接你的程序，请在链接器命令行上指定 -L$(GMXHOME)/lib/$(CPU) -lxtcf。

program testxtc

parameter (maxatom=10000,maxx=3*maxatom)

integer xd,xd2,natoms,step,ret,i

real time,box(9),x(maxx)

call xdrfopen(xd,"test.xtc","r",ret)

print *,'opened test.xtc, ret=',ret

call xdrfopen(xd2,"testout.xtc","w",ret)

print *,'opened testout.xtc, ret=',ret

call readxtc(xd,natoms,step,time,box,x,prec,ret)

if ( ret .eq. 1 ) then

call writextc(xd2,natoms,step,time,box,x,prec,ret)

else

print *,'Error reading xtc'

endif

stop

end

轨迹文件-xdr

GROMACS 使用 XDR 文件格式在内部存储坐标文件等内容。

轨迹文件-trr

具有 trr 扩展名的文件包含了模拟的轨迹。在这个文件中，包含了所有的坐标，速度，力和能量，输出方式由 GROMACS 的 mdp 文件决定。此文件为便携式二进制格式，可以使用gmx dump读取：

gmx dump -f traj.trr

或者，如果你的阅读速度不是很快，可以使用：

gmx dump -f traj.trr | less

你也可以使用以下方法快速查看文件内容（帧数等）:

gmx check -f traj.trr