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[ atomtypes ]-原子类型

原子类型的 静态性质是根据多个位置的数据指定的。

质量来源于 atomtypes.atp 文件

电荷来源rtp(rtp= residue topology parameter,残基拓扑参数)

这意味着只对构建氨基酸,核酸的基本单元定义的电荷,对其他的构建单元,用户需要自己定义电荷。当使用pdb2gmx 程序生成拓扑 文件时,来自这些文件的信息会整合到一起。


GROMACS 中原子类型的静态性质

性质符号单位
类型

质量ma.m.u.
电荷q基元电荷
epsilonεkJ/mol
sigmaσnm


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