|
怎么进行建模思考-了解水分子时间：2025-05-21
很多时候大家经常忽略的就是水模型，对于很多初学者认为 水就只是单纯的H2O，三个原子，但是很多时候为了研究的需要 会给水模型加上适当的虚拟点位， 如果你是要研究水行为的话，你就更需要考虑清楚选择什么水模型更合适了
常见的力场与水模型的搭配 CHARMM36m-TIP3P AMBER从93到14sb—TIP3P AMBER19SB-OPC des-amber-TIP4PD opls-tip4p/tip4pew opls2.0-spc GROMOS-SPC 不同的软件适配水模型也是存在区别 蛋白/核酸体系 用力场与适配的水模型就可以了 小分子水溶液或研究水性质 针对研究选择合适水模型
https://water.lsbu.ac.uk/water/water_models.html
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00794 介电常数的影响 介电常数可以理解为分子 受到电场的影响反应能力 介电常数越大对于束缚 电子的能力越强 MD中，你不加电场 但是分子间依然会有 电荷作用形成的电场 表面张力的影响 表面张力反应的是 在两相之间液面的内聚力 所以在分析表面张力 需要选择更加合适的水模型 其他研究都一样 注意你要分析的东西 使用什么力场比较准
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.04.050 上一篇怎么建模？下一篇怎么进行建模思考-软件选择 |
