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范德华作用计算-邻近列表时间：2025-05-21 由于分子还是在不断的运动，即便有缓冲区，他们还是会有更新， 所以我们需要保障它的一个更新频率， 通常来说缓冲区范围越大，更新的频率可以慢些 如果是高温，由于分子运动较快，所以他的缓冲区更新频率要更高 整个记录下原子的说法叫做邻近列表 通常来说邻近列表的更新频率通常为10-20步
邻居列表的值不能比截断半径小 在gromacs中采用verlet方法 它的截断值可以与邻居列表的值一样 可以没有必要去设置大 因为它的原理 是否重构非键作用计算列表由估算的误差判断 这个是LJ12-6的图，我们发现r=1nm的时候基本趋近于0 所以我们截断半径可以选择1nm，当然越大越好 如果分子模拟的数目越多，他们之间产生的邻近列表也会很多 这样的话大大的增加了内存的使用，降低了计算的效率 关于邻近列表的优化算法——格子索引算法
长宽高都是m个格子 计算的中心与周边的26个格子进行计算 rcell>截断半径rc 目的是减少计算数量 twin-range cutoff方法
这个是跟邻居列表进行更新 参考文献： The Effect of Using a Twin-Range Cutoff Scheme for Nonbonded Interactions: Implications for Force-Field Parametrization? 上一篇库伦作用计算下一篇范德华作用计算-最近邻像约定 |
