3.5原子选择的介绍

本节假定您有肌红蛋白结构mbco。加载PDB并创建3.2节中讨论的视图。如果这不是真的，返回并重复上面描述的过程。

VMD具有强大的原子选择方法，在生成吸引人的、信息丰富的和复杂的图形时非常有用。在前一节中，您使用了其中一些原子选择工具。本教程假设您已经加载了肌红蛋白分子，但是没有必要重新创建所有的图形表示。

要更改显示窗口中显示的分子的每个表示的原子，请打开图形窗口[§5.4.7]并选择要更改的表示。

然后，您可以编辑不同的字段（选择、着色方法或绘图方法），也可以使用Delete按钮完全删除视图。尝试更改或删除某些视图。完成后，删除肌红蛋白结构的所有表示。要恢复基本的线条绘制视图，请清除原子选择文本输入区域，输入all并按Create Rep按钮。

可以根据性质选择原子，即蛋白质或非蛋白质、水或核骨干。它们也可以通过原子名称（如原子C）、残留物名称（如重命名HEM）或许多其他标识符来选择。可以用一个关键字指定多个原子。例如，选择名称C - CA - N - O将选择主原子。（类似的效果也可以通过命令蛋白骨架得到。）VMD可以处理正则表达式，因此名称“C.*”将选择名称以c开头的所有原子。VMD还理解布尔运算符and， or, and not，因此选择重命名HEM而不命名“N.*”选择肌红蛋白血红素组中的所有非氮原子。

有几个更抽象的选择标准可用。例如，选择x > 5查找x坐标大于5的所有原子，而mass >12和mass < 14则选择质量大于12且小于14原子质量单位的所有原子。还提供了许多数学函数[§6.7]，因此选择sqrt(sqr(x) + sqr(y) + sqr(z)) < 10将选择以坐标空间原点为中心半径为10˚a的球面区域内的原子。你可以用短语“在<选择>的<距离>内”来选择一个选择附近的原子，并且所有与给定选择具有相同属性的残基都是“相同<属性>与<选择>”。

有关选择命令的完整描述，请参见6.3节。