第一章 介绍

VMD 是一个分子图形程序，设计用于交互式可视化和分析生物聚合物，如蛋白质，核酸，脂类和膜。VMD可以在所有主流的Unix工作站、苹果MacOS X和微软Windows上运行。关于VMD的在lines信息可从以下网址获得:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/VMD/

VMD的主要功能列表:

通用分子可视化

在其核心，VMD是一个通用的应用程序，用于显示包含任意数量原子的分子，其基本功能类似于其他分子可视化程序。VMD读取数据文件使用一个可扩展的插件系统，并支持其他格式的转换Babel。用户定义的原子选择可以显示在任何标准分子表示中。显示的图形可以导出到图像文件、光lines跟踪程序可用的场景文件，或者适用于三维打印机的几何描述文件。

动态分子数据的可视化

VMD可以从Amber，Charmm，DLPOLY，Gromacs，MMTK，NAMD，X-PLOR和许多其他模拟包加载原子坐标轨迹。这些数据可用于制作分子动画，或绘制分子性质的变化，如角度、二面体、原子间距离或能量随时间的变化。

体积数据的可视化

VMD可以加载、生成和显示体积图。支持的图片格式包括CryoEM图片、静电势图片、电子密度图片和许多其他图片文件格式。

交互式分子动力学模拟

VMD可以用作在远程超级计算机或高性能工作站上运行的实时分子动力学程序的图形前端。VMD可以在多维模拟运行时交互式地应用和可视化力。

分子分析命令

为分子分析提供了许多命令。这些包括提取原子和分子组信息的命令、坐标操作的矢量和矩阵例程，以及计算质心和回转半径等值的函数。

Tcl和Python脚本语言

VMD使用免费提供的Python和Tcl脚本语言来处理文本命令。这些流行的语言包含变量、循环、子程序等等。VMD还使用Tk工具包——一个与Tcl接口的简单用户界面工具包。

易于扩展

VMD是用C和C++编写的，采用面向对象的设计。VMD实现了一个插件接口，用于扩展其文件格式支持和通用功能扩展。

支持多模式输入和各种显示系统

除了通常的显示器、键盘和鼠标之外，还支持许多不同的视觉显示和控制系统。VRPN库用于从各种各样的空间输入设备获取位置和方向信息，包括磁性跟踪、力反应、Spaceball状等。VMD在平铺显示墙上使用WireGL和Chromium，并通过编译的CAVE和FreeVR支持沉浸式VR环境。