VMD支持集群和超级计算机上的大规模批处理模式并行分析和可视化，当它已经用MPI支持编译时。在集群和并行计算机上运行VMD时，可以为每个CPU内核运行一个MPI等级，或者更有可能为几个CPU内核运行一个MPI等级，或者为整个计算节点运行一个MPI等级。如果每个计算节点运行多个VMD实例，通常需要设置环境变量来限制每个VMD实例尝试使用哪些CPU内核和/或GPU，以防止因资源争用而出现性能异常。
