4.2加载文件时会发生什么？

当坐标文件自己加载时（即只是PDB，没有PSF）， VMD使用启发式方法来替换通常由结构文件提供的缺失值。如果有必要，VMD会进行基于距离的键搜索以确定连通性。当两个原子之间的距离在(R1 + R2) * 0.6以内时，形成一个键，其中R1和R2是候选原子各自的半径。

如果同时加载结构文件和坐标文件，则不会进行近似或猜测。

在分子被读入后，新的名称被添加到着色类别中[§6.2.3]，并被分配颜色。接下来，建立键连通性，分析分子以确定其组分，即确定哪些残基是蛋白质、核酸和水等。然后进行搜索，将这些片段连接成更大的相同类型的片段，并将摘要信息打印到屏幕上。BPTI的输出示例如下：

Info 1) Analyzing structure ...

Info 1) Atoms: 898 Bonds: 909

Info 1) Backbone bonds: Protein: 231 DNA: 0

Info 1) Residues: 58

Info 1) Waters: 0

Info 1) Segments: 1

Info 1) Fragments: 1 Protein: 1 Nucleic: 0

碎片有几种类型。蛋白质和核酸片段是同质的；要么是所有蛋白质，要么是所有核酸。然而，蛋白质有可能与核酸或其他非蛋白质相连。当发生这种情况时，打印一条警告消息，如下所示：

Warning 1) Unusual bond between residues 1 and 2

这些警告会出现在末端氨基酸、锌指结构、豆蔻酰化残基和结构定义不清的情况下。