5.4.2主窗口分子列表浏览器

主窗口显示装载分子的全局状态。VMD可以同时显示任意数量的分子。每个分子可以单独隐藏或固定在原地（例如，防止受到鼠标旋转命令的影响）。该窗口包含用于单独或分组改变分子状态的控件。

浏览器显示每个分子的信息。

VMD在装载时为每个分子分配一个唯一的整数ID。

分子是包含拓扑信息的文件名。

Atoms表示分子中的原子数

Frames表示与文件相关的帧数。

每个分子旁边是一组状态标志，表示每个分子的当前状态。每个分子都有以下特性，可以打开或关闭：

Top (T)：Top表示当没有为mol text命令指定任何内容时，文本命令中使用的默认分子。它也用于某些形式（如图形和动画）来确定某些值。一次只能有一个顶部分子。

Active (A)：VMD中的几个命令和动作对许多分子起作用。除非特别说明，否则这些命令将对所有活性分子起作用。这种控制的主要用途是防止一些分子被激活。当播放按钮被按下时，不活动的分子不会产生动画。

Drawn (D)：如果一个分子被绘制，那么它将显示在图形显示窗口中。这对于暂时从视图中隐藏分子而不删除它是有用的。

Fixed (F)：固定分子不进行旋转、平移或缩放。请注意，虽然看起来一个分子相对于另一个分子移动了，但差异只是明显的。当使用（例如鼠标）应用标准旋转时，内部坐标不会改变。但是，可以使用文本命令界面和原子移动拾取模式来改变分子中原子的坐标。

改变分子的状态Changing the Molecule’s Status

可以通过在浏览器中选择分子并双击相应的标记来改变给定分子的状态。任何时候只能有一个分子处于顶部，所以当另一个分子被切换时，前一个顶部分子的状态会改变。

保存轨迹帧Saving Trajectory Frames

使用 Save Coordinates. . . 菜单项中，您可以将轨迹帧以几种文件格式之一写入文件，包括PDB， DCD， Amber CRD等。该特性可用于在组装来自不同来源（如PDB CRD、DCD或Gromacs文件，甚至来自远程模拟）的许多帧后，在单个文件中写出新的轨迹。您还可以将其与分子文件浏览器结合使用，作为从DCD/CRD轨迹生成PDB文件的方法。你可以保存整个存储轨迹，或者使用Amount选择器保存数据的一部分。然后在file type选择器中选择适当的输出文件类型，并按右下角的Save按钮。这将打开文件浏览器，您可以使用该浏览器输入新的文件名。在浏览器中按下Save按钮后，文件将被写入，无需进一步确认。

删除轨迹帧Deleting Trajectory Frames

您可以通过对话框从内存中删除帧。首先，选择一个分子，然后选择“Delete Frames. . .”。从分子菜单中，或者在分子浏览器中双击该分子的帧列。完成后，使用First和Last控件选择要删除的帧范围，然后按delete按钮。没有确认删除。Stride控件允许您使用指定的间隔将一些帧保持在范围内。例如，如果您的范围包含10个标记为0到9的帧，并且您使用4个步幅，则将保留编号为0,4和8的帧。步长为0（零）意味着所有帧都将被删除。

删除一个分子Deleting a Molecule

Delete Molecule”菜单项删除所有选中的分子。没有提示验证删除，所以要小心。如果一个被删除的分子是顶部分子，一个新的顶部分子将从剩余的结构中产生。

GUI快捷键GUI Shortcuts

在Molecule List浏览器中可以使用一些有用的基于鼠标的快捷方式。

•双击一个分子的名称，弹出“重命名分子”对话框。

•双击一个分子的帧数，弹出删除帧对话框。

•点击分子前面的T（顶部），使其成为唯一显示的分子(D)和活动分子(a)，从而聚焦该分子。此外，视图被重置，分子在表示窗口中被选中。