5.4.8标签窗口

标签窗口用于操作可以放置在原子上的标签，以及可以放置在原子之间的几何监视器。如5.1.2节所述，用鼠标选择标签。一旦选中，标签窗口可以用来打开或关闭不同的标签，或者完全删除它们。此外，显示诸如键长等几何数据的标签可以使用此窗口以图形方式显示。

图5.8:标签窗口

标签分类

类别选择器（位于左上角）用于选择要操作的标签类别。

不同的标签类别包括：

Atoms：它们以文本字符串的形式显示在原子旁边，其中列出了原子的名称和残留物；

Bonds：它们在原子之间用虚线表示，键长显示在键的中点；

Angles：用虚线表示，三个原子之间的夹角位于定义三角形的中心；

Dihedrals：用虚线表示，四个原子之间的二面角（由前三个原子和后三个原子形成的平面之间的夹角）显示在扭转键的中点。

Springs：它们在原子之间用虚线表示，键长显示在键的中点；

之前添加的所选类别的所有标签都显示在窗口中心的浏览器中。该行本身包含1到4个原子名称，具体取决于类别；原子名的形式为<residue name><residue id>:<atom name>，后面跟着（on）或（off）。最后一个单词指示标签是打开还是关闭。

修改或删除标签

通过在中央浏览器中选择标签并按下Hide按钮，可以在不删除标签的情况下打开或关闭标签。要重新打开它，请再次选择它，然后按“显示”按钮。按Delete键删除。该浏览器允许多次选择，例如，允许您一次删除多个标签。要选择当前类别中的所有内容，请按“全部选择”；按“全部取消选择”键取消选中。如果未选择任何内容，则该操作将应用于所有内容。因此，关闭一切的一种方法是按“全部取消选择”，然后按“隐藏”。（这可能看起来违反直觉，但这样做是为了只需按下Delete键就可以删除所有标签。）

选择信息

selected Atom选项卡显示有关鼠标最后选择的原子的信息。此信息也会回显到vmd控制台。中的数据将保持不变，直到鼠标选择新的标签。确定了以下字段的信息：

•Molecule-引用分子的名称

•XYZ -原子在3D空间中的位置

•Resname -该原子所属的氨基酸或核酸的类型

•ResID -特定原子所属的整个残基的内部VMD ID号。例如，蛋白质原子的ResId与其PDB文件中列出的该原子的残基数相同。

•Name -原子在坐标文件中出现的名称

•Type -原子的类型，由给定名称与与该名称关联的可能原子类型的内部VMD匹配确定

•Chain -如果坐标文件中包含该原子的“Chain”字段中的数据，则此处给出该数据。

•Segname—原子所属段的名称

•Index—用于标识原子的内部VMD索引；这对于指定选择语法以为特定原子生成不同的表示样式非常有用。对于PDB文件，Index对应于文件中列出的原子序数减去1（因此索引从0开始）。

•Value-计算的键，角度的长度，或由选定的标签执行的几何测量

绘制标签的值

如果标签具有数值（例如键长几何监视器），则很容易绘制值随时间的变化（对于动画中的多个帧）。Graph按钮调用一个Tcl脚本来绘制所选标签的数据。您可以创建自己的脚本来处理标签绘制，只需创建一个名为vmd labelcb user的Tcl进程即可。该过程应该接受三个参数。查看VMD脚本目录中的默认脚本，在VMD安装目录scripts/ VMD /graphlabels.tcl下找到。如果没有支持的绘图程序可用，将出现一个对话框，允许您将标签的值保存到文件中。