5.4.13IMD连接模拟窗口

VMD能够与在另一台计算机上运行的分子动力学程序一起工作，与计算的模拟结果进行交互并显示结果。VMD的一个主要特点是能够将微扰转向力添加到运行模拟中，并将其直接纳入动力学计算中；我们把这种能力称为相互作用分子动力学（IMD）。为了运行和模拟IMD，必须有一个支持IMD通信协议的分子动力学程序。迄今为止，有两个这样的项目存在；NAMD是在伊利诺伊大学开发的，而Protomol是在圣母大学开发的。本章的其余讨论假设您正在使用NAMD。有关获取NAMD的信息，请参阅NAMD主页2。http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

相互作用分子动力学Interactive Molecular Dynamics

IMD通过在VMD和分子动力学模拟程序之间建立TCP连接来工作。NAMD或正在使用的MD程序充当服务器。为了准备namd接受VMD的IMD连接请求，namd必须配置为侦听网络端口上的传入连接。NAMD启动后，可能会等待用户通过该端口进行连接。当vmd连接namd成功后，模拟开始。

在连接到远程模拟之前，VMDuser必须首先加载与正在模拟的系统相对应的分子。结构文件应该与NAMD使用的结构文件对应。一旦分子被加载，NAMD已经启动并正在监听连接，您就可以连接到模拟并开始接收坐标。要建立连接，请打开Simulation窗口，输入NAMD运行的主机名和NAMD侦听传入连接的端口，然后按Connect按钮建立连接。如果NAMD在多个分布式节点上运行，VMD必须连接到最初启动NAMD的根节点。

IMD使用仿真窗口

模拟窗口允许您控制先前通过使用远程窗口连接到的分子动力学模拟的行为。此窗口包含用于更改仿真参数和影响VMD如何显示仿真结果的控件。窗口还包含信息显示，显示模拟连接的当前状态，以及正在模拟的分子系统的当前能量、温度和时间步长等信息。

在窗口的顶部有两个输入字段和一个按钮，用于建立到正在运行的MD模拟的连接。输入正在运行模拟的主机名和模拟正在侦听的端口，然后按Connect按钮建立连接。

有关可能的错误消息和状态更新，请参阅文本控制台。在连接显示的下面是一个浏览器，用于设置一些连接参数。这些包括:

Transfer Rate：时间步长从远程模拟程序传输到VMD的频率。默认情况下，这是1，这意味着每个计算的时间步都会被发送。如果将其设置为某个值N，则只有每第N步才会从远程计算机发送，从而减少需要完成的网络处理和呈现量。

Keep Rate：VMD在其动画列表中保存时间步的频率，而不是在显示它后丢弃它。默认情况下，该值为0，这意味着VMD不保存任何时间步长。当这个值为0时，当VMD接收到一个新的时间步长时，它会用新的时间步长替换动画列表中的最后一个时间步长，而不是附加它。当将其设置为大于0的某个数字N时，则从远程模拟接收到的每N个时间步将被附加到分子上。

可以通过在适当的输入字段中输入文本并按<return>来更改参数。

当输入一个新值时，将向远程模拟发送一个命令来更改它。在仿真得到命令、对它们采取行动和结果传播回VMD之间可能会有一些延迟。连接状态显示在窗口的中央。仿真状态文本区域显示被仿真系统的能量值（动能、静电等），以及当前时间步长和温度。每当VMD接收到一个新的坐标集（时间步长）时，它就会更新。停止模拟按钮将终止远程模拟，但不会删除VMD中的分子。分离模拟按钮将切断VMD和NAMD之间的连接，但将允许模拟继续运行。