5.4.15RamaPlot

图5.14:Rama plot窗口

RamaPlot窗口显示所选分子的Ramachandran图。如果在一系列帧上设置分子动画，RamaPlot将自动更新Ramachandran图。您可以选择要在图中显示的残基范围。单击Ramachandran图中的一个点，将显示所有帧上Ramachandran空间中所选残差的轨迹。窗口右侧的字段显示最近选择的残基的phi和psi的计算值。最后，您可以创建当前Ramachandran图的PostScript图像。图5.14总结了RamaPlot的功能。

使用RamaPlot

在VMD文本控制台中键入“RamaPlot ”,或在扩展菜单中选择RamaPlot菜单项，启动RamaPlot。主窗口包含一个Ramachandran图形，phi和psi分别沿水平轴和垂直轴运行，范围从-180度到180度。Ramachandran最允许的区域是蓝色的；部分允许的区域显示为绿色。加载分子后，使用窗口右上方的下拉菜单选择一个分子。当前分子中的蛋白质残基被映射到带有黄色方块的Ramachandran图中。单击一个方块会使该方块变成红色，在窗口右侧的字段中显示残差信息，并且如果轨迹数据存在，会将轨迹中所有帧的选定残差在Ramachandran空间中的位置绘制为空的黑色方块。点击其中一个空白方块，使VMD用对应于该方块的时间步长的坐标重新绘制图形显示窗口。第二次点击在红色高亮显示的残基上，关闭RamaPlot窗口中的轨迹信息。

当蛋白质包含许多残基时，一次显示所有残基可能不方便。在选择输入中输入原子选择，以选择要显示的残基。请注意，选择必须包含要显示的残基的α碳(名称CA)。另请注意，就像图形窗口一样，如果更改动画帧，将不会重新计算选择。

要打印白色Ramachandran图的内容，选择“打印到文件...”从RamaPlot文件下拉菜单。输入文件名以保存窗口内容。