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椭球ellipsoid.inp

时间:2025-04-25     作者:邱新龙【原创】   阅读

tolerance 2.0 #表示原子间的距离不能小于2.0A

add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A,目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触

output  ellipsoid.pdb #表示输出ellipsoid的文件

structure  h2o.pdb #表示输入结构h2o

number   2000 #表示输入结构的个数为2000个

inside ellipsoid 0. 0. 0. 2. 3. 5. 10. #表示中心坐标为0 0 0,坐标2 3 5表示轴坐标,10A处理椭球体大小

end structure #完成此次结构输入

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