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固定蛋白fix.inp时间：2025-04-25 tolerance 2.0 #表示原子间的距离不能小 add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A，目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触 output fix.pdb #表示输出fix的文件 structure 1aki.pdb #表示第一次输入结构1aki centerofmass #选择质心 fixed 40. 40. 40. 0. 0. 0. #固定质心位置在40 40 40处，不进行旋转 end structure #完成此次结构输入 structure s4.pdb #表示第二次输入结构s4 number 300 #表示输入结构的个数为300个 inside box 0. 0. 0. 80. 80. 40. #表示正方体一个数值最小的顶点为0 0 0坐标，边长为50A end structure #完成此次结构输入 structure h2o.pdb #表示第三次输入结构h2o number 10000 #表示输入结构的个数为10000个 inside box 0. 0. 40. 80. 80. 80. #表示正方体一个数值最小的顶点为0 0 50坐标，边长为50A，相当于第一个在Z方向移动了50A end structure #完成此次结构输入
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