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囊泡vesica.inp时间：2025-04-25 tolerance 2.0 #表示原子间的距离不能小于2.0A add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A，目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触 output vesica.pdb #表示输出vesica的文件 structure SDS.pdb #表示输入结构SDS number 500 #表示输入结构的个数为500个 atoms 39 #固定原子编号为39 inside sphere 0. 0. 0. 22. #原子39号在球心0 0 0 半径为22A内进行移动 end atoms #第一次固定原子行为结束 atoms 1 #固定原子编号为1 outside sphere 0. 0. 0. 38.4 #原子1号在球心0 0 0 半径为38.4A外进行移动，因为链长16.4A end atoms #第二次固定原子行为结束 end structure #完成此次结构输入
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