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球形sphere.inp时间：2025-04-25 tolerance 2.0#表示原子间的距离不能小于2.0A add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A，目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触 output sphere.pdb #表示输出sphere的文件 structure h2o.pdb #表示输入结构h2o number 2000 #表示输入结构的个数为2000个 inside sphere 0. 0. 0. 30. #表示球心坐标为0 0 0，半径为30A的球 end structure #完成此次结构输入
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