gmx trjorder根据到参考组原子的距离对分子排序

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-nice ]

[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ] [-na ]

[-da ] [-[no]com] [-r ] [-[no]z]

gmx trjorder可根据到参考组原子的最小距离或z坐标(-z选项)对分子排序. 使用距离进行排序时, 需要指定参考原子组以及分子组. 对轨迹中的每一帧, 所选分子会根据分子中编号为-da的原子与参考组中所有原子之间距离的最小值进行重排序. 通过将-da设定为0, 可使用分子的质心而不是参考原子. 轨迹中的所有原子都会写入输出轨迹.

对某些分析, gmx trjorder可能会有用, 例如分析离蛋白最近的n个水分子. 在这种情况下, 参考组为蛋白质, 分子组为所有水分子的原子. 当得到了前n个水分子的索引组后, 排序后的轨迹可使用任何GROMACS工具分析最近的n个水分子.

如果输出文件为.pdb文件, 到参考目标的距离会存放于B因子字段, 以便用于使用一些可视化程序加色, 如Rasmol

使用-nshell选项, 会输出参考组周围一定半径-r壳层内的分子数.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-f [<.xtc/.trr/...>]	traj.xtc	输入	轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.tpb/...>]	topol.tpr	输入	结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>]	index.ndx	输入, 可选	索引文件
-o [<.xtc/.trr/...>]	ordered.xtc	输出, 可选	轨迹: xtc trr trj gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>]	nshell.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	19	设置优先级
-b <time>	0	从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
-e <time>	0	从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
-dt <time>	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
-xvg <enum>	xmgrace	xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none
-na <int>	3	分子中的原子个数
-da <int>	1	计算距离时所用原子的编号, 0表示使用质心
-[no]com	no	使用到参考组质心的距离
-r <real>	0	当计算围绕蛋白等的壳层内的分子数时, 距离的截断值
-[no]z	no	根据z坐标排序分子

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