gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-om [<.xpm>]] [-or [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-nice ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ]
[-sqrt ] [-fm ] [-rmax ] [-rbin ]
[-mmax ] [-nlevels ] [-nr ] [-fr ]
[-rt ] [-ft ]
gmx vanhove用于计算Van Hove相关函数G(r,t), 它表示在0时刻处于r_0的粒子在t时刻位于r_0+r处的概率. gmx vanhove是以向量r的长度而不是r来确定G, 因此给出了粒子在时间t内移动距离r的概率. 计算时会移除对周期性边界的跨越, 并会对因各项同性或各项异性压力耦合导致缩放进行校正.
使用选项-om可输出整个矩阵与t和r的函数关系, 或与sqrt(t)和r的函数关系(选项-sqrt)
使用选项-or可输出一个或多个t值的Van Hove函数. 选项-nr用以设置时间数, 选项-fr设置时间之间的间隔. 分格宽度可用选项-rbin设置. 分格数目自动确定.
使用选项-ot可输出函数到某一距离(选项-rt指定)的积分与时间的函数关系.
对所有读入的帧, 所选粒子的坐标放于在内存中, 因此程序可能会占用大量内存. 使用选项-om和-ot时程序可能会变得很慢, 这是因为计算标度为帧数与-fm或-ft的乘积. 需要注意的是, 使用-dt选项可以减少内存使用量和计算时间.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-om [<.xpm>] | vanhove.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-or [<.xvg>] | vanhove_r.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-ot [<.xvg>] | vanhove_t.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice | 19 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-sqrt <real> | 0 | 矩阵轴使用sqrt(t), 分格间距数以sqrt(ps)为单位 |
-fm <int> | 0 | 矩阵中的帧数, 0表示输出所有帧 |
-rmax <real> | 2 | 矩阵中最大r(nm) |
-rbin <real> | 0.01 | 矩阵和-or的分格宽度(nm) |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-mmax <real> | 0 | 矩阵的最大密度, 0表示使用计算值(1/nm) |
-nlevels <int> | 81 | 矩阵的水平数 |
-nr <int> | 1 | -or输出的曲线数目 |
-fr <int> | 0 | -or输出的帧间距 |
-rt <real> | 0 | -ot输出的积分上限(nm) |
-ft <int> | 0 | -ot输出的帧数, 0表示使用所有帧 |
