gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-os [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]m] [-[no]recip]
[-[no]mol] [-acflen ] [-[no]normalize] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ]
gmx velacc用于计算速度自相关函数. 当使用-m选项时, 可以计算动量自相关函数.
使用-mol选项, 可计算分子的速度自相关函数. 在这种情况下, 索引组应由分子编号组成, 而不是原子编号.
请确保你的轨迹包含具有速度信息的帧(即, 原始的.mdp文件中应设置了nstvout), 数据采集点之间的时间间隔远远短于自相关的时间尺度.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.trr/.cpt/...>] | traj.trr | 输入 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-o [<.xvg>] | vac.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-os [<.xvg>] | spectrum.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice | 19 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]m | no | 计算动量自相关函数 |
-[no]recip | yes | 在谱图中, x轴使用cm^-1为单位, 而不是1/ps |
-[no]mol | no | 计算分子的速度自相关函数 |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erfit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最后 |
