gmx xpm2ps将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM

gmx xpm2ps [-f [<.xpm>]] [-f2 [<.xpm>]] [-di [<.m2p>]] [-do [<.m2p>]]

   [-o [<.eps>]] [-xpm [<.xpm>]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]frame]

   [-title ] [-[no]yonce] [-legend ] [-diag ]

   [-size ] [-bx ] [-by ] [-rainbow ]

   [-gradient ] [-skip ] [-[no]zeroline]

   [-legoffset ] [-combine ] [-cmin ] [-cmax ]

gmx xpm2ps能够将XPM(XPixelMap)矩阵文件转换为漂亮的颜色映射图. 只要提供了正确的矩阵格式, 还可以显示标签和坐标轴. 矩阵数据可以通过一些程序得到, 如gmx do_dssp, gmx rms或gmx mdmat.

可以选择性的使用-di选项提供.m2p文件, 里面包含了设定的参数, 并提供了合理的默认值. Y轴的默认设置与X轴相同. 字体名称的默认等级为: 标题字体 -> 图例字体; 标题字体 -> (x字体 -> y字体 -> y刻度字体) -> x刻度字体, 例如, 设置标题字体相当于设置了所有字体, 设置x轴字体相对于设置了y轴字体, y刻度字体和x刻度字体.

未提供.m2p文件时, 可以通过命令行选项设定多数设置. 其中最重要的选项是-size, 它以postscript的单位设定了整个矩阵的大小. 此选项也可以使用-bx和-by选项(以及.m2p文件中的相应参数)覆盖, 它们设定了单个矩阵元素的大小.

使用-f2选项可以提供第二个矩阵文件. 程序会同时读取两个矩阵文件, 并绘制出第一个矩阵(-f)的左上半部分与第二个矩阵(-f2)的右下半部分. 对角部分的值来自由-diag选项选择的矩阵文件. 将选项-diag设置为none可以不显示对角线上的值. 在这种情况下, 会生成一个新的颜色映射图, 其中红和蓝的渐变色分别代表负值和正值. 如果两个矩阵的颜色代码和图例标签完全相同, 那么只会显示一个图例说明, 否则会显示两个分开的图例说明. 使用-combine选项可以选择另外的操作, 以将矩阵进行组合. 输出值的范围会自动设置为组合矩阵的实际范围, 但可以使用-cmin和-cmax选项来覆盖所用的范围.

-title可设置为none以忽略标题, 或设置为ylabel以便在Y轴标签位置显示标题(平行于Y轴).

使用-rainbow选项可以将暗色的灰度矩阵变成更吸引人的彩色图片.

使用-xpm选项可以将溶合或彩虹映射的矩阵输出到XPixelMap文件.