gmx x2top根据坐标生成原始拓扑文件

gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]] [-nice ]

  [-ff ] [-[no]v] [-nexcl ] [-[no]H14] [-[no]alldih]

  [-[no]remdih] [-[no]pairs] [-name ] [-[no]pbc] [-[no]pdbq]

  [-[no]param] [-[no]round] [-kb ] [-kt ] [-kp ]

已知问题

gmx x2top可以根据坐标文件生成原始的拓扑文件. 当根据原子名称和键的数目定义杂化状态时, 程序会假定所有的氢原子都出现在构型中. 这个程序也可以生成.rtp文件中的条目, 你可以将它们添加到力场目录下的.rtp数据库中.

当设置了-param选项的时候, 所有相互作用的平衡距离, 键角和力常数都会写入拓扑中的相应位置. 平衡距离和键角由输入坐标得到, 力常数根据命令行选项设定. 目前支持的力场主要有以下几类:

G53a5: GROMOS96 53a5力场(官方发布)

oplsaa: OPLS-AA/L 全原子力场(2001氨基酸二面角版本)

使用gmx x2top时需要一个对应的.n2t文件, 它位于力场库目录下, 名称为atomname2type.n2t. 该文件的格式在手册的第五章有详细介绍. 默认情况下, 力场的选择是交互式的, 但可以使用-ff选项在命令行中指定上面力场的简短名称. 在这种情况下, gmx x2top会到指定的力场目录下查找对应的文件.

原子类型的选择方法很原始, 没有使用化学信息.

周期性边界条件会卷曲键

不会生成不当二面角

原子到原子类型的转换表不完整(数据目录下的atomname2type.n2t文件). 请扩展此文件并将其提供给GROMACS团队.

补充说明

理论上只要能在对应的力场中找到构型中的各个原子类型, 那么gmx x2top可以支持所有GROMACS的力场. 当然输出的原始拓扑文件需要进行很多修改, 因此在使用此工具需要对拓扑文件足够熟悉.