[ pairtypes ]-分子内的对相互作用

用于 1-4 相互作用的正常配对相互作用的函数类型为 1。

函数类型 2 和 [ pairs_nb ] 用于自由能模拟。

在计算水合自由能时，溶质需要从溶剂中解耦。这可以通过添加一个 B 状态拓扑来完成，在这个状态下所有溶质的非键参数，即电荷和 LJ 参数，都设置为零。然而，A 状态和B 状态之间的自由能差并不是总的水合自由能。我们必须考虑到真空中溶质分子间的库仑和 LJ 相互作用，这些相互作用应当计入总的自由能。当溶质中的库仑和 LJ 相互作用不会改变时，第二步可以与第一步结合起来。为此，引入了配对函数类型 2，它与函数类型 1 完全相同，但 B 状态参数始终与 A 状态参数相同。当搜索 [ pairtypes ] 节段的参数时，函数类型 1 和 2 之间没有区别。配对相互作用节段 [ pairs_nb ] 用于取代非键相互作用。它使用未缩放的电荷和非键 LJ 参数；并只使用 A 状态的参数。注意，应该为 [ pairs_nb ] 节段中列出的所有原子对添加排除，否则这些原子对最终会出现在正常的邻区列表中。

或者，通过使用 couple-moltype，couple-lambda0，couple-lambda1 和 couple-intramol 关键字，可以不必修改拓扑而达到同样的目的。所有这三种配对类型全都使用普通的库仑相互作用，即便是使用反应场，PME，Ewald 或移位库仑相互作用来计算非键相互作用时也是一样。类型 1 和类型 2 的能量会写入能量和日志文件，其中每对能量组都有单独的 LJ-14 和 Coulomb-14 项。[ pair_nb ] 的能量会加到 LJ-(SR) 和 Coulomb-(SR) 项中。