[ moleculetype ]

必需

defaults

atomtypes

非键函数类型；组合规则; 生成配对 (no/yes); LJ 校正因子

fudgeLJ(); 库仑校正因子 fudgeQQ()

原子类型；质量 m(u); 电荷 q(e); 粒子类型；V ; W

可选

bondtypes

pairtypes

angletypes

dihedraltypes(∗)

constrainttypes

LJ

nonbond params

1

Buckingham

nonbond params

2

必需

moleculetype

分子名称  非键相互作用排除

必需

atoms

原子类型；残基编号；残基名称；原子名称；电荷组编号；q(e); m(u)

必需

system

系统名称

必需

molecules

分子名称；分子数目

可选

intermolecular_interactions

一项或多项成键相互作用，涉及两个或多个原子，不能是产生排除的相互作用，不能是约束，使用全局原子编号

键

1

b0(nm); kb(kJmol−1nm−2)

所有

G96 键

2

b0(nm); kb(kJmol−1nm−4)

所有

Morse 键

3

b0(nm); D(kJmol−1) β(nm-1)

所有

立方键

4

b0(nm); Ci=2,3(kJmol−1nm−i)

连接

5

简谐势

6

b0(nm); kb(kJmol−1nm−2)

所有

FENE 键

7

bm(nm); kb(kJmol−1nm−2)

表格键

8

表格号(≥0)  k(kJ mol−1)

k

表格键

9

表格号(≥0)  k(kJ mol−1)

k

约束势

10

low, up1,2(nm);  kdr (kJmol−1nm−2)

所有

额外 LJ 或库仑  pairs

1

V W

所有

额外 LJ 或库仑  pairs

2

fudgeQQ ()  qi   qj(e)   V  W

额外 LJ 或库仑  pairs_nb

1

qi   qj(e)   V  W

键角

1

θ0(deg);kθ(kJmol−1rad−2)

所有

G96 键角

2

θ0(deg);kθ(kJmol−1)

所有

键键交叉项

3

r1e,r2e(nm);krr,(kJmol−1nm−2)

键角交叉项

4

r1e,r2e,r3e(nm);krθ(kJmol−1nm−2)

Urey-Bradley

键角

5

θ0(deg);kθ(kJmol−1rad−2);r13(nm);kUB(kJmol−1nm−2)

所有

四次键角

6

θ0(deg);Ci=0,1,2,3,4(kJmol−1rad−i)

表格键角

8

表格号(≥0)  k(kJ mol−1)

k

受限弯曲势

10

θ0(deg);kθ(kJmol−1)

排除

1

一个或多个原子索引号

约束

2

1

b0(nm)

所有

约束

2

2

b0(nm)

所有

SETTLE

1

1

dOH (nm), dHH (nm)

二体虚拟位点

3

1

a()

三体虚拟位点

4

1

a()  b()

三体虚拟位点（fd）

4

2

a()  d(nm)

三体虚拟位点（fad）

4

3

θ(deg)  d(nm)

三体虚拟位点（out）

4

4

a()  b()   c(nm-1)

四体虚拟位点（fdn）

5

2

a()  b()   c(nm)

N体虚拟位点（COG）

1

1

一个或多个构建原子的索引号

N体虚拟位点（COM）

1

2

一个或多个构建原子的索引号

N体虚拟位点（COW）

1

3

一个或多个构建原子的索引号和权重

位置限制

1

1

kx,ky,kz(kJ mol-1 nm-2)

所有

平底位置限制

1

2

g r(nm) k(kJ mol-1 nm-2)

距离限制

2

1

类型 标签 low up12(nm) 权重

二面角限制

4

1

𝜙0(deg);Δ𝜙 (deg);𝑘dihr (kJmol−1rad−2)

所有

取向限制

2

1

exp.; 标签；α; c (U nmα;obs. (U); 权重(U−1)

角度限制

4

1

θ0(deg);kc(kJmol−1) 多重度

θ  k

角度限制（z）

2

1

θ0(deg);kc(kJmol−1) 多重度

θ  k