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ifdef 语句GROMACS 有一个非常强大的功能，你可以在top文件中使用 #ifdef 语句。 通过使用这一语句以及与之相关的#define语句，像之前在 amber99.ff/forcefield.itp 文件中看到的那样，在同一个top文件可以为分子使用不同的参数。 下面给出 TFE 的一个例子，其中的一个选项控制了原子使用哪种电荷：De Loof 等人给出的电荷还是 Van Buuren 和 Berendsen 给出的电荷。 实际上，你可以使用 C 预处理器 cpp 的大部分功能，因为grompp包含了类似的预处理函数用以扫描文件。 使用 #ifdef 选项的方法如下： • 在mdp文件（包含grompp的输入参数）中使用 define = -DDeLoof 选项，或者，在top或itp文件中提前使用 #define DeLoof 语句 • 将 #ifdef 语句放在top中，如下所示： pdb2gmx使用同样的机制来实现是否使用位置限制（位置限制一节），具体作法是通过使用#include 来包含itp 文件，而此文件只有设置了特定的 #define （并且拼写正确!）时才会有意义。
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