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约束算法约束定义在 [ constraints ] 节段中。其格式为两个原子编号，后面跟着函数类型和约束距离。 函数类型可以是 1 或 2。它们之间的唯一区别在于，类型 1 可产生排除，而类型 2 不产生排除。距离是使用 LINCS 或 SHAKE 算法进行约束的，具体使用哪种算法可以在mdp文件中指定。 在自由能计算中，通过增加第二个约束距离，这两种类型的约束都可以进行微扰。 grompp程序可以自动将一些类型的键和键角（参见 表 5.14）转换为约束。mdp文件中有几个相关的选项。 我们还实现了 SETTLE 算法，它是 SHAKE 算法的解析解，专门用于水分子。可以在拓扑文件中选择 SETTLE。例如，SPC 水分子模型的定义： [ settles ] 指令定义了水分子的第一个原子。SETTLE 函数类型始终为 1，并且必须给出 O-H 和H-H 之间的距离。注意，SETTLE 算法也可用于 TIP3P 和 TIP4P 水分子模型。 TIP3P 只不过具有不同的几何构型。TIP4P 有一个虚拟位点，但因为它是根据其他原子的位置构建的，因此不需要使用 SHAKE(也不需要 SETTLE)。
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