gmx angle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]]
[-of [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]]
[-or [<.trr>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-type ] [-[no]all] [-binwidth ]
[-[no]periodic] [-[no]chandler] [-[no]avercorr] [-acflen ]
[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]
[-endfit ]
gmx angle用于计算一些键角或二面角的角度分布.
利用-ov选项, 可以得到一组键角的平均值随时间的变化关系图. 使用-all选项时, 第一幅图为平均键角, 其他则为单个键角. 例如, 如果我们选择几个不同的原子组合来计算其角度
75 76 1145
75 76 1147
222 223 1145
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | angle.ndx | 输入 | 索引文件 |
-od [<.xvg>] | angdist.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-ov [<.xvg>] | angaver.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-of [<.xvg>] | dihfrac.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-ot [<.xvg>] | dihtrans.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-oh [<.xvg>] | trhisto.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-oc [<.xvg>] | dihcorr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-or [<.trr>] | traj.trr | 输出, 可选 | 兼容xdr格式的轨迹 |
-of [<.xvg>] | dihfrac.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-ot [<.xvg>] | dihtrans.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-oh [<.xvg>] | trhisto.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-oc [<.xvg>] | dihcorr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-or [<.trr>] | traj.trr | 输出, 可选 | 兼容xdr格式的轨迹 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的 .xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-type <enum> | angle | 要分析的键角类型: angle, dihedral, improper, ryckaert-bellemans |
-[no]all | no | 按索引文件中的出现顺序, 在平均值文件中单独输出每个键角的平均值 |
-binwidth <real> | 1 | 计算分布的分格值(单位: 度) |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-[no]periodic | yes | 输出二面角除以360度的余数 |
-[no]chandler | no | 使用Chandler相关函数(N[trans] = 1, N[gauche] = 0)而不是余弦相关函数.转变的定义为phi < -60或phi > 60. |
-[no]avercorr | no | 对单个键角或二面角的相关函数进行平均 |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半. |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最终 |
已知问题：对转变进行计数只适用于多重度为3的二面角
