gmx clustsize [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-ow [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]]
[-ac [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]] [-temp [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-[no]w] [-xvg ] [-cut ] [-[no]mol] [-[no]pbc]
[-nskip ] [-nlevels ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-rgbhi ]
gmx clustsize用于计算气相中的分子/原子团簇的尺寸分布. 结果以.xpm格式的文件给出. 总的团簇数目会写入一个.xvg文件中.
当指定-mol选项时, 计算团簇时将以分子为基本单元, 而不是以原子为基本单元, 这样允许对大分子进行团簇化. 在这种情况下, 索引文件中仍然应当包括原子编号, 否则计算会终止并给出SEGV信号.
当轨迹中包含速度时, 程序假定所有粒子都可自由移动, 并将最大团簇的温度输出在一个独立的.xvg文件中. 如果使用了约束, 则需要校正温度. 例如, 使用SHAKE或SETTLE算法模拟水时, 得到的温度是正常温度的1/1.5. 你可以使用-ndf选项来补偿这一点. 请记得计算时去除质心的运动.
使用-mc选项将输出一个索引文件, 其中包含最大团簇的原子编号.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 兼容的xdr运行输入文件 |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xpm>] | csize.xpm | 输出 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-ow [<.xpm>] | csizew.xpm | 输出 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-nc [<.xvg>] | nclust.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-mc [<.xvg>] | maxclust.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-ac [<.xvg>] | avclust.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-hc [<.xvg>] | histo-clust.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-temp [<.xvg>] | temp.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-mcn [<.ndx>] | maxclust.ndx | 输出, 可选 | 索引文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-cut <real> | 0.35 | 一个团簇中的最大距离(单位nm) |
-[no]mol | no | 对分子而不是原子进行团簇分析(需要.tpr文件) |
-[no]pbc | yes | 使用周期性边界条件 |
-nskip <int> | 0 | 输出时跳过的帧数 |
-nlevels <int> | 20 | .xpm输出文件中灰度的数目 |
-ndf <int> | -1 | 计算温度时整个体系的自由度数. 如果未设置, 会使用3倍的原子数目 |
-rgblo <vector> | 1 1 0 | 团簇大小最低值的GRB颜色值 |
-rgbhi <vector> | 0 0 1 | 团簇大小最高值的GRB颜色值 |
