gmx current计算介电常数和电流自相关函数

gmx current [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]

[-o [<.xvg>]] [-caf [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]] [-md [<.xvg>]]

[-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]

[-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-sh ]

[-[no]nojump] [-eps ] [-bfit ] [-efit ]

[-bvit ] [-evit ] [-tr ] [-temp ]

gmx current可用于计算电流自相关函数, 体系转动偶极矩和平动偶极矩的相关, 以及相关的静态介电常数. 为得到合理的结果, 索引组应当是中性的. 更进一步, 如果给出了速度, 程序也可以根据电流自相关函数计算静态电导率. 此外, 也可以利用Einstein-Helfand拟合得到静态电导率.

-caf选项用于指定电流自相关函数的输出文件, -mc选项用于指定偶极矩转动和平动部分相关的输出文件. 但这些选项只适用于包含速度的轨迹. 选项-sh和-tr对自相关函数进行平均和积分. 由于平均是通过移动轨迹的起始点进行的, 可以利用-sh选项修改移动以便选择不相关的起始点. 当接近终止点时, 统计的不精确度增加, 对自相关函数进行积分只有在某一点之前才能得到合理的值, 数据的可靠性取决于帧数. 选项-tr控制用于计算静态介电常数的积分区域的大小.

选项-temp可以设置计算静态介电常数所需要的温度.

当模拟中使用了反应场或偶极修正Ewald加和(-eps=0对应于圆罐边界条件)时, 选项-eps可以控制周围介质的介电常数.

-[no]nojump选项取消坐标折叠允许自由扩散. 这需要一个连续的平动偶极矩以便进行Einstein-Helfand拟合. 拟合结果可用于确定带电分子体系的介电常数. 然而, 也可以根据折叠坐标的总偶极矩涨落计算介电常数. 但使用此选项时需要小心, 因为只有在非常小的时间跨度内才能满足分子密度近似恒定且平均值收敛的条件. 为保险起见, 计算介电常数时, 应借助Einstein-Helfand方法计算介电常数的平动部分.