gmx densmap计算二维的平面或轴径向密度映射图

gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-nice ] [-b ]

[-e ] [-dt ] [-[no]w] [-bin ] [-aver ]

[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]

[-amax ] [-rmax ] [-[no]mirror] [-[no]sums]

[-unit ] [-dmin ] [-dmax ]

gmx densmap用于计算2D数密度的映射图. 它可以计算平面和轴径向的密度映射图. 输出的.xpm文件可以利用XV等程序进行可视化, 也可以利用xpm2ps转换为psotscript. 利用-od选项可将数据输出为文本形式的.dat文件, 而不是-o输出的通常.xpm文件.

程序默认计算选定的一组原子在xy平面内的2D数密度映射图. 可以使用-aver选项改变平均方向. 当设定了-xmin和/或-xmax时, 计算时只会考虑平均方向上处于限制范围之内的原子. 使用-bin设置格点间距. 当-n1或-n2取非零值时, 格点尺寸由该选项决定. 计算时考虑了盒子尺寸的涨落.

当设定了-amax和-rmax选项时, 会计算轴径向数密度映射图. 应提供三个组, 前两个组的质心用与定义轴线, 第三个组为要分析组. 轴向范围从-amax至+amax, 中心为两质心的中点, 并且正方向为第一组的质心到第二组的质心. 径向范围从0到rmax. 当指定了-mirror选项时, 径向范围从-rmax至+rmax.

可使用-unit选项对输出进行归一化. 默认给出实际的数密度. 使用-unit nm-2选项忽略对平均值或角方向的归一化处理. 使用-unit count选项可得到每个格点单元的计数值. 如果不想在输出中使用从零到最大密度的标尺, 你可以使用-dmax选项设定最大密度值.