gmx dielectric [-f [<.xvg>]] [-d [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w]
[-xvg ] [-[no]fft] [-[no]x1] [-eint ] [-bfit ]
[-efit ] [-tail ] [-A ] [-tau1 ]
[-tau2 ] [-eps0 ] [-epsRF ] [-fix ]
[-ffn ] [-nsmooth ]
gmx dielectric可以利用模拟得到的总偶极矩的自相关函数(ACF)计算频率依赖的介电常数. ACF可由gmx dipoles计算得到. 可使用的函数形式如下:
单参数: y = exp(-a_1 x)
双参数: y = a_2 exp(-a_1 x)
三参数: y = a_2 exp(-a_1 x) + (1 - a_2) exp(-a_3 x)
拟合的初始值可以在命令行中指定, 也可以使用-fix和参数编号将需要固定的参数的值固定为初始值.
程序会生成三个输出文件. 第一个文件中包含了ACF, 对ACF使用1, 2, 3个参数的指数拟合, 以及组合的数据/拟合的数值导数. 第二个文件中包含了频率依赖介电常数的实部和虚部. 最后一个文件给出了所谓的Cole-Cole图, 图中虚部是实部的函数. 对于一个纯指数弛豫(也称德拜弛豫), Cole-Cole图应该是个半圆.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xvg>] | dipcorr.xvg | 输入 | xvgr/xmgr文件 |
-d [<.xvg>] | deriv.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-o [<.xvg>] | epsw.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-c [<.xvg>] | cole.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]fft | no | 使用快速傅里叶变换计算相关函数 |
-[no]x1 | yes | 使用第一列作为X轴数据, 而不是使用第一个数据集 |
-eint <real> | 5 | 终止数据积分并开始使用拟合的时间 |
-bfit <real> | 5 | 拟合的起始时间 |
-efit <real> | 500 | 拟合的终止时间 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-tail <real> | 500 | 函数的长度, 包括数据与拟合的尾部 |
-A <real> | 0.5 | 拟合参数A的初始值 |
-tau1 <real> | 10 | 拟合参数τ1的初始值 |
-tau2 <real> | 1 | 拟合参数τ2的初始值 |
-eps0 <real> | 80 | 液体的ε0 |
-epsRF <real> | 78.5 | 模拟中使用的反应场的ε. 值为0表示无穷大. |
-fix <int> | 0 | 将参数固定为初始值, A (2), tau1 (1)或tau2 (4) |
-ffn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-nsmooth <int> | 3 | 用于平滑的点的个数 |
