gmx disre [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-ds [<.xvg>]]
[-da [<.xvg>]] [-dn [<.xvg>]] [-dm [<.xvg>]] [-dr [<.xvg>]]
[-l [<.log>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.pdb>]] [-c [<.ndx>]]
[-x [<.xpm>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-ntop ] [-maxdr ]
[-nlevels ] [-[no]third]
gmx disre计算距离限制的方差. 如果需要, 可以使用gmx protonate程序将所有的质子添加到蛋白质分子中.
gmx disre总是计算瞬时方差而不是时间平均的方差, 因为分析是根据轨迹文件进行的, 使用时间平均没有意义. 尽管如此, 每个限制的时间平均值还是都会输出在日志文件中.
为输出所选的特定限制, 可以使用索引文件.
当给定-q选项时, 会输出.pdb文件, 并使用平均方差对其着色.
当给定-c选项时, 程序将读取一个索引文件, 其中包含了轨迹中与你要分析的团簇(以另一种方式定义)相应的帧. 对这些团簇, 程序将使用三次平均算法来计算平均方差, 并将其输出在日志文件中.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-ds [<.xvg>] | drsum.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-da [<.xvg>] | draver.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-dn [<.xvg>] | drnum.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-dm [<.xvg>] | drmax.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-dr [<.xvg>] | restr.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-l [<.log>] | disres.log | 输出 | 日志文件 |
-n [<.ndx>] | viol.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-q [<.pdb>] | viol.pdb | 输出, 可选 | 蛋白质数据库文件 |
-c [<.ndx>] | clust.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-x [<.xpm>] | matrix.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容的矩阵文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-ntop <int> | 0 | 每步存储在日志文件中的较大方差的数目 |
-maxdr <real> | 0 | 输出矩阵中最大的距离方差. 如果此值小于等于0, 将根据数据确定最大值. |
-nlevels <int> | 20 | 输出矩阵的水平数 |
-[no]third | yes | 对输出矩阵使用立方反比平均或线性平均 |
