gmx distance [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oxyz [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]]
[-oallstat [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-tu ] [-xvg ] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf ]
[-selrpos ] [-select ] [-len ]
[-tol ] [-binw ]
gmx distance计算一对位置间的距离随时间变化的函数. 每个选择指定要计算的一组独立距离. 每个选择应包括位置对, 要计算的, 如位置1-2, 3-4等之间的距离.
-oav记录下每个选择的平均距离随时间变化的函数. -oall记录下所有独立的间距随时间变化的函数; -oxyz也是记录所有独立的间距, 但会记录距离的x, y, z分量而不是距离向量的大小. -oh记录每个选择的距离的直方图, 直方图的位置由-len和–tol来进行设置, 分格的宽度由-binw设置. -oallstat记录下所有帧的每个单独距离的平均值和标准偏差.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<. xtc/. trr/...>] | traj. xtc | 输入, 可选 | 输入轨迹或单个构型: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<. tpr/. tpb/...>] | topol. tpr | 输入, 可选 | 输入结构: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<. ndx>] | index. ndx | 输入, 可选 | 额外的索引组 |
-oav [<. xvg>] | distave. xvg | 输出, 可选 | 平均距离随时间变化的函数 |
-oall [<. xvg>] | dist. xvg | 输出, 可选 | 间距随时间变化的函数 |
-oxyz [<. xvg>] | distxyz. xvg | 输出, 可选 | 间距(在x y z 方向上的分量)随时间变化的函数 |
-oh [<. xvg>] | disthist. xvg | 输出, 可选 | 距离的直方图 |
-oallstat [<. xvg>] | diststat. xvg | 输出, 可选 | 独立距离的统计 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间的单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-xvg <enum> | xmgrace | 绘制的格式: none, xmgrace, xmgr |
-[no]rmpbc | yes | 每一帧使用所有分子 |
-[no]pbc | yes | 使用周期性边界条件计算距离 |
-sf <file> | 从文件中提供选择 |
-selrpos <enum> | atom | 选择参考的位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog,part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog,dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-select <selection> | 计算距离对的位置 |
-len <real> | 0.1 | 直方图的平均距离 |
-tol <real> | 1 | 直方图分布的宽度关于-len的函数. |
-binw <real> | 0.001 | 直方图单元格的宽度 |
补充说明
可以使用gmx distance提取两个原子间的距离随时间的变化, 需要一个索引文件, 其写法是, 在里面加入两个组, 内容分别是这两个原子序号, 再运行gmx distance -f file.xtc -s file.tpr -n index.ndx会提示选择组, 分别选择那两个组即可. 计算结果输出在dist.xvg文件中, 其中第二列是距离, 后面三列是距离的x/y/z分量.
