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gmx do_dssp指定二级结构并计算溶剂可及表面积gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-ssdump [<.dat>]] [-map [<.map>]] [-o [<.xpm>]] [-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-ta [<.xvg>]] [-aa [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-sss ] [-ver ] gmx do_dssp读取轨迹文件, 并调用第三方程序dssp计算每一时间帧蛋白质的二级结构信息. 如果你还没有安装dssp程序, 可以在这里获得: http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. gmx do_dssp假定dssp可执行程序的路径为/usr/local/bin/dssp. 如果不是, 那么需要设置环境变量DSSP, 并将其指向dssp可执行程序的路径, 例如setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp. 如果使用bash, 可使用export DSSP='/opt/dssp/bin/dssp', 也可以直接将该变量加到bash的配置文件中. 自2.0.0版本起, dssp的语法不同于之前的版本. 如果你正在使用旧版本的dssp程序, 可用选项-ver指示do_dssp使用旧的语法. 默认情况下, do_dssp使用2.0.0版本引入的语法. 即使更新的版本(编写此文档时尚未发布)也被假定与2.0.0版本使用同样的语法. 程序会将每一残基每一时间帧的二级结构写入一个.xpm矩阵文件. 该文件实际上是一个文本文件, 可以用文本编辑器打开. 文件中用不同字符表示蛋白质每一残基属于何种二级结构, 并随时间变化, 同时定义了每个字符的颜色. 这一文件可使用xv之类的程序可视化, 也可使用xpm2ps转换为PostScript格式, 扩展名为.eps, 这样就可以直接打开或用到Latex文件中. 在.xpm和PostScript文件中, 每个链以浅灰线分割开. 程序可以统计每个二级结构类型的残基数目和总的二级结构类型数(-sss), 并将统计结果随时间的变化写入文件中(-sc). 输出文件中包含了所有不同二级结构的氨基酸残基数目, 可以用xmgrace的-nxy选项打开. 程序可以计算每个残基的溶剂可及表面积(SAS, Solvent Accesible Surface), 包括绝对值(Å^2^)和相对于残基最大可及表面积的比例. 残基的最大可及表面积定义为该残基在甘氨酸链中的可及表面积. 注意, gmx sas程序也可用于计算SAS且更简单高效. 最后, 这个程序可以将二级结构信息转存在一个特殊的文件ssdump.dat中(此文件为文本文件, 里面用字符代表残基的二级结构类型, 如H表示螺旋, B表示折叠等), 以供gmx chi程序使用. 将这两个程序结合起来, 就可以分析残基二面角性质与二级结构类型的关系.
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