gmx dos [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-vacf [<.xvg>]] [-mvacf [<.xvg>]] [-dos [<.xvg>]] [-g [<.log>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w]
[-xvg ] [-[no]v] [-[no]recip] [-[no]abs] [-[no]normdos]
[-T ] [-acflen ] [-[no]normalize] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ]
gmx dos根据模拟计算态密度. 为使计算结果有意义, 必须使用足够高的频率来保存轨迹中的速度, 这样才能包含所有的振动. 对于柔性体系, 保存轨迹的时间间隔大约是几飞秒. 程序会将基于DoS的性质在打印在标准输出.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.trr/.cpt/...>] | traj.trr | 输入 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-vacf [<.xvg>] | vacf.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-mvacf [<.xvg>] | mvacf.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-dos [<.xvg>] | dos.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-g [<.log>] | dos.log | 输出 | 日志文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]v | yes | 显示更多信息 |
-[no]recip | no | 绘制DoS图时, X轴使用cm^-1而不是1/ps |
-[no]abs | no | 使用VACF傅里叶变换的绝对值作为态密度. 默认仅仅使用实部. |
-[no]normdos | no | 对DoS进行归一化以便其累加和等于3N. 这并不时一个必要的选项. |
-T <real> | 298.15 | 模拟温度 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半 |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF勒让德多项式的级数(0表示无): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直至最后 |
已知问题
此程序运行时需要大量内存: 总使用量等于原子数乘以3乘以帧数再乘以4(或8, 当使用双精度时)
