gmx enemat从能量文件中提取能量矩阵

gmx enemat [-f [<.edr>]] [-groups [<.dat>]] [-eref [<.dat>]]

   [-emat [<.xpm>]] [-etot [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]

   [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]sum]

   [-skip ] [-[no]mean] [-nlevels ] [-max ]

   [-min ] [-[no]coulsr] [-[no]coullr] [-[no]coul14]

   [-[no]ljsr] [-[no]ljlr] [-[no]lj14] [-[no]bhamsr] [-[no]bhamlr]

   [-[no]free] [-temp ]

gmx enemat从能量文件(-f)中提取能量矩阵. 使用-group选项时必须提供一个文件名称, 文件中每行包含一组使用的原子. 通过寻找名称对应于原子组对名称的能量组, 会从能量文件中提取这些组的相互作用能的矩阵. 例如, 如果-group文件中包含:

2

Protein

SOL

程序会预期能量文件中包含具有Coul-SR:Protein-SOL和LJ:Protein-SOL名称的能量组(尽管同时分析很多组时, gmx enemat非常有用). 不同能量类型的矩阵会分开输出, 由-[no]coul, -[no]coulr, -[no]coul14, -[no]lj, -[no]lj14, -[no]bham和-[no]free选项控制. 最后, 可以计算每组的总相互作用能(-etot).

近似的自由能可以如下计算: Efree=E0+kTlog(<exp((E−E0)/kT)>)Efree=E0+kTlog⁡(<exp⁡((E−E0)/kT)>), 其中 <><> 代表时间平均. 可以提供包含参考自由能的文件, 用以计算相对于一些参考状态的自由能差值. 参考文件中的组名称(如残基名称)应当与-group文件中的组名称一致, 但在-group中追加的数字(如残基编号)在比较时将会被忽略.