gmx freevolume [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-xvg ] [-[no]rmpbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-select ] [-radius ] [-seed ]
[-ninsert ]
gmx freevolume用于计算一个盒子中的自由体积及其与时间的函数关系, 输出自由体积所占总体积的比例. 程序会尝试将一个指定半径的探针插入模拟盒子中, 如果探针与任何原子之间的距离小于两个原子的范德华半径之和, 就认为这个位置已被占据, 即非自由. 通过利用半径为0的探针, 可以计算出真实的自由体积. 通过利用较大半径的探针, 如0.14 nm, 大致对应于水分子的半径, 可计算对应于指定大小假想粒子的自由体积. 然而, 值得注意的是, 由于将原子视为硬球, 这些数字是非常近似的, 通常只有相对变化才有意义, 例如进行不同温度下的一系列模拟.
通过选择指定的组来用于描述非自由体积. 单位体积的插入数目对结果的收敛影响很大. 使用大约1000/nm^3^的值可得到总的标准偏差, 这是由轨迹的涨落决定而不是由随机数的涨落决定的.
所得结果非常依赖于范德华半径; 我们推荐使用Bondi(1964)给出的数值.
一些作者喜欢使用部分自由体积(FFV, Fractional Free Volume), 它的值为1-1.3*(1-Free Volume). 此值会显示在终端上.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 输入轨迹或单个构型: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 输入结构: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 额外的索引组 |
-o [<.xvg>] | freevolume.xvg | 输出, 可选 | 计算的自由体积 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-xvg <enum> | xmgrace | 绘图格式: none, xmgrace, xmgr |
-[no]rmpbc | yes | 使每帧中的分子保持完整 |
-sf <file> | 使用文件提供选择 |
-selrpos <enum> | atom | 选择参考位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog,part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog,dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog |
-select <selection> | 使用选区 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-radius <real> | 0 | 插入探针的半径(单位nm, 使用0可得到真正的自由体积) |
-seed <int> | -1 | 随机数产生器的种子 |
-ninsert <int> | 1000 | 对轨迹中的每一帧, 每立方nm探针尝试插入的次数 |
