gmx genrestr生成索引组的位置限制或距离限制

gmx genrestr [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]

[-of [<.ndx>]] [-nice ] [-fc ] [-freeze ]

[-[no]disre] [-disre_dist ] [-disre_frac ]

[-disre_up2 ] [-cutoff ] [-[no]constr]

基于-f指定的文件内容, gmx genrestr为拓扑生成一个#include头文件, 其中包含一个原子编号列表以及x, y和z三个方向的力常数. 也可以在命令行中指定单一的各向同性力常数, 而不是给出三个分量.

警告: 位置限制是分子内的相互作用, 因此在拓扑文件中它们必须被包含在正确的[ moleculetype ]段中. 而[ position_restraints ]段中的原子索引必须在相应分子类型的原子索引范围之内. 因为在每个分子类型中原子编号都是从1开始的, 而在gmx genrestr命令的输入文件中却是从1开始连续编号, 所以gmx genrestr命令只会对第一个分子生成有用的文件. 你可能需要编辑生成的索引文件以删除第一个分子后面的原子, 或构建一个合适的索引组作为gmx genrestr的输入.

-of选项可生成一个用于冻结原子的索引文件. 在这种情况下, 输入文件必须是.pdb文件.

使用-disre选项会生成距离限制而非位置限制的半个矩阵. 该矩阵通常用于蛋白质中的C~α~原子, 这样可以维持一个蛋白质的总体构象而不必将其绑定到特定位置(使用位置限制时).