gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
gmx h2order用于计算水分子相对于盒子法向的取向, 确定水分子偶极矩与盒子轴线间夹角的余弦平均值. 计算时盒子被划分为许多切片, 程序会输出每一切片的平均取向. 根据氧原子的位置, 每一时间帧中的每个水分子都被归属到某一切片中. 如果使用了-nm选项, 程序将计算水分子偶极与从质心到氧原子的轴线之间的夹角, 而不是偶极与盒子轴线间的夹角.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-nm [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输出文件: tpr tpb tpa |
-o [<.xvg>] | order.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps以及.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-d <string> | Z | 膜的法线方向: X, Y或Z |
-sl <int> | 0 | 计算序参数与盒子长度的函数关系, 将盒子划分为指定数目的切片 |
已知问题
程序将整个水分子归属到某一切片时, 是根据索引文件组中的三个原子中的第一个原子. 假定顺序为O, H, H. 名称并不重要, 但顺序很关键. 如果不满足这个要求, 将水分子归属到切片时差异很大.
