gmx helix计算α螺旋结构的基本性质

gmx helix [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]

  [-cz [<.gro/.g96/...>]] [-nice ] [-b ] [-e ]

  [-dt ] [-[no]w] [-r0 ] [-[no]q] [-[no]F] [-[no]db]

  [-[no]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

gmx helix计算各种类型螺旋的性质. 程序首先会检查多肽段, 找到最长的螺旋部分, 这由氢键和φ/ψ角度确定的. 再将其拟合成一个绕z轴的理想螺旋, 以原点居中. 然后计算以下性质:

螺旋半径(radius.xvg输出文件). 这仅仅是二维平面内所有C~α~原子的RMS偏差, 计算方法为sqrt((sum_i (x\^2(i)+y\^2(i)))/N), 其中N为骨干原子数. 理想螺旋的半径为0.23 nm.

扭转(twist.xvg输出文件). 计算每个残基的平均螺旋角. 对α螺旋此值为100度, 对3-10螺旋值会更小, 5-螺旋的值更大.

每个残基的上升量(rise.xvg输出文件). 每个残基的螺旋上升量以C~α~原子z坐标的差值表示. 对于理想螺旋此值为0.15 nm

总螺旋长度(len-ahx.xvg输出文件). 以nm为单位的总螺旋长度. 其值简单由平均上升量(见上文)乘上螺旋残基数(见下文)计算.

螺旋偶极. 只计算骨干原子的(dip-ahx.xvg输出文件).

与理想螺旋的RMS偏差, 仅根据C~α~原子计算(rms-ahx.xvg输出文件).

平均C~α~-C~α~二面角(phi-ahx.xvg输出文件)

平均φ和ψ角度(phipsi.xvg输出文件).

根据Hirst和Brooks方法计算的222 nm处的椭圆度