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gmx helixorient计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向gmx helixorient [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-oaxis [<.dat>]] [-ocenter [<.dat>]] [-orise [<.xvg>]] [-oradius [<.xvg>]] [-otwist [<.xvg>]] [-obending [<.xvg>]] [-otilt [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ] [-[no]sidechain] [-[no]incremental] gmx helixorient用于计算α螺旋内部平均轴的坐标和方向, C~α~与(可选)侧链原子相对于轴的的方向/向量. 对输入, 你需要指定索引组, 其中的C~α~原子对应于连续残基的α螺旋. 侧链方向需要另一个原子数目相同的索引组, 包括每个残基中代表残基的重原子. 注意, 此程序不会对结构进行叠合. 我们需要四个C~α~的坐标来定义α螺旋轴的局部方向. 倾斜/旋转根据欧拉旋转计算, 其中定义的螺旋轴作为x轴方向, 残基/C~α~向量作为y轴方向, z轴方向由它们的叉积确定. 我们使用Y-Z-X次序的欧拉旋转, 这意味着我们 (1) 首先倾斜螺旋轴, (2) 然后使其与残基向量正交, (3) 最终对齐进行旋转. 为便于调试或满足其他用途, 我们在theta[1-3].xvg文件中输出了实际的欧拉旋转角.
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