gmx insert-molecules将分子插入已有空位

gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ci [<.gro/.g96/...>]]

[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-nice ]

[-box ] [-nmol ] [-try ] [-seed ]

[-radius ] [-scale ] [-dr ] [-rot ]

[-[no]allpair]

gmx insert-molecules命令可以插入-nmol个体系的副本到盒子中, 体系由-ci输入文件定义. 插入的分子可以填充由-f指定的溶质分子构型中的空位, 或者填充由-box指定的空盒子. 同时指定-f和-box选项等同于-f, 但插入前会在溶质周围放置一个新盒子. 该命令运行过程中, 坐标文件中的速度不予考虑.

默认情况下, 插入的位置是随机的(初始随机数种子由-seed设置). 程序将会迭代直至将-nmol个分子插入盒子中. 对某一位置, 若已存在的任意原子和插入分子任意原子之间的距离小于两个原子范德华半径之和, 则不会插入分子. 程序会读取数据文件(vdwradii.dat)中的范德华半径, 并根据-scale选项的设置进行缩放. 若不能在数据文件中找到所需的半径值, 相应的原子将通过-radius来设定(未缩放)距离.

停止前共进行-nmol*-try次尝试插入. 若存在一些小的空隙需要填充, 可以增加-try的值. -rot选项用于指定在尝试插入前是否对插入分子进行随机旋转.

作为替代, 也可以仅将分子插入到positions.dat(-ip)文件中指定的特定位置. 此文件应包含三列信息(x,y,z), 它们给出了相对于输入分子位置(-ci)的偏离位移. 因此, 如果该文件应包含绝对位置, 使用gmx insert-molecules命令前必须把分子的中心置于(0, 0, 0)(例如, 使用gmx editconf -center). 该文件中以#开始的内容为注释, 会被忽略. -dr选项定义了插入尝试中允许的最大位移. -try和-rot以默认模式运行(见上文).