gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-mean [<.xpm>]] [-frames [<.xpm>]] [-no [<.xvg>]] [-nice ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ] [-t ]
[-nlevels ]
gmx mdmat创建残基对之间的最小距离构成的矩阵. 使用-frames选项时, 可以将这些矩阵按顺序存储下来, 用以查看蛋白质三级结构随着时间的变化. 如果不明智地使用选项, 程序可能会生成非常大的输出文件. 默认只输出对整个轨迹进行平均后的距离矩阵. 同时, 也可以输出整个轨迹中残基间不同原子之间的接触数. 输出文件可以利用gmx xpm2ps进行处理以生成PostScript(tm)图.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-mean [<.xpm>] | dm.xpm | 输出 | 与X PixMap兼容的矩阵文件 |
-frames [<.xpm>] | dmf.xpm | 输出, 可选 | 与X PixMap兼容的矩阵文件 |
-no [<.xvg>] | num.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-t <real> | 1.5 | 切断距离 |
-nlevels <int> | 40 | 距离的离散水平数 |
