gmx mindist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-on [<.xvg>]] [-o [<.out>]]
[-ox [<.xtc/.trr/...>]] [-or [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-tu ] [-[no]w] [-xvg ]
[-[no]matrix] [-[no]max] [-d ] [-[no]group] [-[no]pi]
[-[no]split] [-ng ] [-[no]pbc] [-[no]respertime]
[-[no]printresname]
gmx mindist用于计算一个组与其他组之间的距离. 程序会将(两组之间任意原子对的)最小距离和给定距离内的接触数输出到两个独立的文件. 使用-group选项时, 如果另一组中的一个原子与第一组的多个原子相接触, 接触数只计为1次而不是多次. 使用-or选项时, 程序会确定到第一组中每个残基的最小距离, 并给出它与残基编号的函数关系图.
使用-pi选项时, 会给出一个组与其周期映象的最小距离. 这可以用于检验蛋白质在模拟中是否可以感受到它的周期映象. 每个方向只考虑一次平移, 共26次平移. 程序也会给出组间的最大距离以及三个盒矢量的长度.
gmx distance也可用于计算距离.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-od [<.xvg>] | mindist.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-on [<.xvg>] | numcont.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-o [<.out>] | atm-pair.out | 输出, 可选 | 通用输出文件 |
-ox [<.xtc/.trr/...>] | mindist.xtc | 输出, 可选 | 轨迹: xtc trr trj gro g96 pdb tng |
-or [<.xvg>] | mindistres.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]matrix | no | 计算组与组之间距离的半个矩阵 |
-[no]max | no | 计算最大距离, 而不是最小距离. |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-d <real> | 0.6 | 接触距离 |
-[no]group | no | 计算接触数时, 与第一组中多个原子的接触数计为1. |
-[no]pi | no | 计算与映象间的最小距离 |
-[no]split | no | 时间为零时分割图形 |
-ng <int> | 1 | 计算到中心组的距离时, 其他组的数目 |
-[no]pbc | yes | 计算距离时考虑周期性边界条件 |
-[no]respertime | no | 当输出与每个残基的距离时, 输出每个时间点的距离. |
-[no]printresname | no | 输出残基名称 |
